Cùng lúc, Quốc hội nghiêm cấm việc thỉnh thị ý kiến Rô-ma trong các vấn đề tôn giáo cũng như trong các lĩnh vực khác, và trừng phạt những ai quảng bá các chỉ dụ của Giáo hoàng trong nước Anh. Quốc hội cũng cấm Giáo hội ban hành các chuẩn tắc tôn giáo mà không có sự chuẩn thuận của nhà vua. Giáo hoàng Clement chỉ còn cách xét đến biện pháp rút phép thông công Henry và Thomas Cranmer,[46][47] đồng thời tuyên bố quyết định của Henry hủy hôn với Catherine và hôn nhân của Henry với Anne là bất hợp lệ. Sứ thần của Giáo hoàng bị triệu hồi, và bang giao giữa Rô-ma với nước Anh bị cắt đứt.[40]

Thêm một số đạo luật được thông qua yêu cầu giới tăng lữ bầu chọn các Giám mục là những người được nhà vua đề cử. Đạo luật Quyền Tối thượng năm 1534 tuyên bố nhà vua là "Nhà lãnh đạo duy nhất trên đất của Giáo hội Anh", một đạo luật khác được thông qua cùng năm 1534 kết án tử hình những ai bị buộc tội phản loạn vì không chịu công nhận quyền tối thượng của nhà vua. Đáp trả việc rút phép thông công, Đạo luật Peter’s Pence được thông qua tái khẳng định rằng nước Anh "dưới sự tể trị của Thiên Chúa không có bề trên nào hết ngoại trừ nhà vua", và rằng vương quyền của Henry từng bị suy yếu do sự tiếm quyền vô lý và hà khắc cũng như bởi sự "trấn lột" của Giáo hoàng.[48]

Bởi vì sự đối đầu giữa nhà vua và Giáo hoàng do xung đột lợi ích mà Giáo hội Anh đổi chủ, từ Rô-ma sang Henry VIII. Những nhà cải cách Kháng Cách vẫn tiếp tục bị bách hại, nhất là khi họ chống lại việc hủy hôn của Henry. Nhiều người trốn ra nước ngoài chỉ để rơi vào tình cảnh khắc nghiệt hơn như trường hợp của William Tyndale, cuối cùng ông bị hỏa thiêu theo yêu cầu của Henry. Phải đợi đến thời trị vì của con trai Henry, Edward VI, những cải cách giáo hội trong lĩnh vực thần học và hành đạo mới có thể tiến hành, sau đó được củng cố và xác lập bởi một người con khác của Henry, Elizabeth I.

Rắc rối nảy sinh

Cả nhà vua lẫn Vương hậu đều không hài lòng với cuộc sống hôn nhân. Họ từng vui hưởng những ngày bình yên và hạnh phúc, nhưng Anne không chịu phục tùng nhà vua như bà được mong đợi phải làm. Tính sôi nổi hoạt bát và trí thông minh không cần giấu kín từng làm Anne là một người tình quyến rũ thì những tính cách này tỏ ra không thích hợp với vai trò mẫu nghi thiên hạ, bởi vì Henry đòi hỏi sự thần phục tuyệt đối của mọi người trong triều. Thái độ này khiến Anne có nhiều kẻ thù. Về phần mình, Henry không mấy thích thú với những cơn giận dữ thường xuyên của Anne. Sau một lần sẩy thai năm 1534, Henry xem việc Anne không thể sinh con trai cho ông là một sự phản bội. Đến Giáng sinh năm 1534, Henry bàn với Cranmer và Cromwell về những cơ hội bỏ rơi Anne mà không phải quay trở lại với Catherine.[49]

Những đề kháng chống lại chính sách tôn giáo của Henry bị dập tắt mau chóng. Một số tu sĩ bị tra tấn và xử tử. Những nhân vật nổi tiếng như John Fisher, Giám mục Rochester, và Sir Thomas More, từng là Tể tướng của Henry, vì từ chối tuyên thệ trung thành với nhà vua mà bị kết án mưu phản và bị chém đầu tại Tower Hill, ngay bên ngoài Tháp Luân Đôn.

Mặt khác, sự đàn áp làm gia tăng chống đối của người dân, đáng kể nhất là sự kiện Pilgrimage of Grace, một cuộc nổi dậy rộng lớn ở miền bắc nước Anh trong năm 1536. Henry hứa ân xá và cảm ơn những người nổi dậy vì giúp ông quan tâm đến vấn đề của họ, rồi mời lãnh tụ của phe nổi dậy, Robert Aske, đến dự tiệc hoàng gia. Trong bữa tiệc, Henry yêu cầu Aske viết về những gì đã xảy ra để nhà vua hiểu rõ tình hình hơn mà tiến hành thay đổi. Sau này, những điều Aske viết bị nhà vua sử dụng để chống lại ông. Bởi vì Henry xem những người nổi dậy là kẻ phản quốc nên ông tự cho mình không có nghĩa vụ giữ lời hứa. Khi biết nhà vua thất hứa, họ nổi dậy lần nữa, nhưng đã bị suy yếu nhiều. Nhà vua cho đập tan cuộc nổi dậy, và bắt giữ những người lãnh đạo, trong đó có Aske. Họ bị xử tử vì tội phản quốc.

Xử tử Anne Boleyn

Ngày 8 tháng 1, 1536, nhà vua và Vương hậu biết tin Catherine qua đời. Lúc ấy Vương hậu đang mang thai, bà biết số phận của mình sẽ ra sao nếu không thể sinh con trai, bởi vì nếu cả hai Vương hậu khuất bóng thì nhà vua có thể tự do tái hôn mà không ai có thể xem cuộc hôn nhân mới là bất hợp pháp. Đến cuối tháng, Henry bị ngã ngựa trong một cuộc thi đấu và bị chấn thương nghiêm trọng. Khi biết tin, Vương hậu chấn động và bị sẩy thai, một bé trai 15 tuần tuổi.[50]

Sau khi Anne hồi phục, Henry tuyên bố cuộc hôn nhân của ông là hậu quả của ma thuật. Người tình mới của nhà vua, Jane Seymour, dời đến chỗ ở mới sau khi em trai của Anne, George Boleyn, bị khước từ một đặc ân vinh dự của triều đình, Huân chương Garter. Anh trai của Seymour được ban tặng huân chương này.[51]

Năm người đàn ông, trong đó có em trai của Anne, bị bắt giữ và buộc tội loạn luân và phản quốc vì bị cáo buộc quan hệ tình dục với Vương hậu.[52] Ngày 2 tháng 5, 1536, Anne bị bắt và giam giữ trong Tháp Luân Đôn. Bà bị cáo buộc tội ngoại tình, loạn luân, và phản quốc.[53] Mặc dù Anne không nhận tội và không có chứng cứ thuyết phục, bà bị tuyên án tử hình ngày 17 tháng 5, 1536. Tám giờ sáng ngày 19 tháng 5, 1536, Vương hậu bị xử chém. Cuộc hành hình diễn ra nhanh chóng. Anne quỳ thẳng lưng, lìa đời chỉ sau một nhát chém.[54]

Vương tử Edward

Một ngày sau khi Anne bị hành hình, Henry đính hôn với Jane Seymour, một trong những Thị nữ thuộc đoàn tùy tùng của Vương hậu Anne Boleyn khi trước. Mười ngày sau hai người kết hôn. Cũng vào thời điểm đó, Henry phê chuẩn bộ luật về xứ Wales năm 1535, sáp nhập xứ Wales vào nước Anh, sau đó là Đạo luật Kế vị thứ hai, tuyên bố hậu duệ của Vương hậu Jane sẽ là người kế vị trực tiếp, như thế Lady Mary và Lady Elizabeth bị kể là con ngoại hôn và mất quyền kế vị. Nhà vua có thêm quyền chỉ định người kế vị theo ý muốn của mình.

Năm 1537, Jane sinh một con trai duy nhất của nhà vua, Vương tử tử Edward. Đây là một ca sinh khó và Vương hậu qua đời do nhiễm trùng ngày 24 tháng 10 cùng năm tại Lâu đài Hampton Court. Toàn thể triều đình cùng than khóc với Henry trong một thời gian dài. Henry xem Jane là người vợ chính danh duy nhất vì bà là người phụ nữ duy nhất cho ông một con trai để nối ngôi, điều ông vẫn tha thiết mong đợi. Sau khi băng hà, nhà vua được an táng cạnh Vương hậu Jane.